По сюжету игры четверо бойцов Naruto попадают внутрь загадочного призрачного замка, внезапно образовавшегося рядом с секретной деревней ниндзя и высасывающего жизненную энергию из его обитателей. Им предстоит пройти 100 уровней замка и сразиться с более чем 20 видами врагов, используя комбо-атаки, удары в полете и разнообразные приемы, чтобы понять, за что повелевающая замком женщина в маске так их не любит. Пройдя полную мини-игру и крутую сюжетную кампанию, игроки смогут устраивать схватки друг с другом Naruto: Ultimate Ninja Heroes 2: The Phantom Fortress позволяет устраивать сражения между двумя PSP, даже если копия игры есть только на одной.